رییس کل:

رییس‌کل سازمان بالاترین مقام اجرایی، اداری و مالی و نماینده قانونی سازمان در کلیه مراجع با حق توکیل به غیر و یا نماینده وی می باشد و در حدود مصوبات مجمع عمومی و شورای عالی و مقررات و ضوابط مربوط دارای اختیار کامل است که از طرف مجمع عمومی از بین منتخبین هیأت مدیره سراسر کشور برای مدت چهار سال انتخاب و به رییس‌جمهور جهت صدور حکم معرفی می شود.

رئیس هیات مدیره :
​​​​​​​
رییس هیأت مدیره هر یک از شهرستان‌ها از بین منتخبین هر شهرستان با پیشنهاد هیأت مدیره مربوطه و صدور حکم رییس‌کل سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران برای مدت چهار سال منصوب می‌گردد.
رؤسای هیأت مدیره شهرستان‌ها  همان وظایف و اختیارات رییس‌کل سازمان نظام پزشکی در محدوده سازمان نظام پزشکی شهرستان مربوطه به استثنای وظایف خاص رییس کل را به عهده خواهند داشت.​​​​​​​